時間:106年7月14 日 (星期五)
地點:講座 台灣大學梁國樹國際會議廳 
    實作 台灣大學計算機中心212教室
簡介:本次研習會旨在研討如何利用高通量數據(high-throughput data)特性所提供之特殊機會,來提高生物醫學實驗之真實性(validity)與再現性(reproducibility),並促進各相關領域的合作。

基因體甲基化是表觀遺傳學(epigenetics)研究的重要一環,是在研究DNA序列不改變的情況下,DNA甲基化修飾與基因表達變化或細胞性狀(phenotype)改變之關係與機轉。目前已知癌症形成與惡化、胚胎發育、老化過程,或是環境暴露、藥物反應等,均與基因體甲基化有著密切的關係。本次課程將以研究者常用之主流平台之一:Illumina的DNA methylation array之數據分析為例,介紹此類基因體甲基化實驗所得高通量數據之特性,分享如何著重再現性、統計推論、以及生物路徑解釋的分析經驗與心得。

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時間106年1月17日 (星期二)
地點:國家衛生研究院圖資大樓 5樓電腦教室
簡介:本研習會以一系列之課程講解及實例操作,讓學員們快速熟悉癌症基因體研究中之重要概念及工具。本次研習會將以基因表現資料為主要素材,介紹(1)基因體高通量數據分析之前處理,(2)公用資料庫之中大量基因表現數據之利用,及(3)GSEA生物路徑分析法。本研習會可以幫助學員以適當題材與方法切入癌症基因體學研究,並能充分利用公用基因表現資料建構與臨床意義或病理特徵相關之癌細胞生物路徑。

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時間106年1月12 日 (星期四)
地點:國立交通大學光復校區資訊館1樓 資訊技術服務中心電腦教室3
簡介:微小核醣核酸MicroRNA(miRNA)可透過抑制基因的表現,進而調控發育、细胞分化與許多疾病和癌症等。本研究團隊在miRNA研究超過10年,除了發展許多世界知名的生物資訊分析工具及資料庫如miRTarBase之外,也有許多傑出的合作研究成果(如 Science, Molecular Cell, JCI, Circulation等)。本研習課程,將由黃憲達教授先簡介miRNA並且帶大家綜觀許多重要研究成果,是如何透過生物資訊整合分析而有重大發現或突破。接下來將由黃憲達教授的團隊講解與上機實習,在miRNA研究上,重要的資料庫和分析工具。期望研究miRNA的學者/研究生能就藉由本次的研習會,應用至自己的研究主題中。

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時間:106年1月12 日 (星期四)
地點:國立交通大學光復校區資訊館1樓 資訊技術服務中心電腦教室2
簡介:PubMed是由美國的National Center for Biotechnology Information所開發,存放最多生醫文獻,也是生醫研究人員在研究過程中最依賴的資料庫。所有珍貴的研究成果都被完整保存,資料庫中每年所收集的文獻數量呈現正成長,根據統計,2016年有將近一百二十萬篇研究成果被納入資料庫中,平均每天約有320篇。隨著科技的發展,這樣的研究能量將會逐年遞增。研究人員該如何從如此巨量的文獻資料中找到與自己研究相關的文獻,文獻的蒐集及分析是現在正面臨的一大問題。

因此,在此研習課程中,將依序介紹如何透過現在最熱門的Python語言及強大的機器學習工具–WEKA,實現文獻探勘技術及分析方法,建構自動化的文獻資料處理流程。從巨量的生醫文獻中擷取出各疾病相關的生物標誌(biomarker),並帶領學員跟著分析流程實際操作。

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時間:105年12月1日(星期四)~105年12月2日(星期五)
地點:國立清華大學 生命科學二館 R220電腦教室
簡介: 本研習會主要以實例讓學員們快速應用結構生物資訊分析工具,熟悉蛋白質基礎結構特性,實作蛋白質結構模擬(modeling)與預測,同時搭配3D結構視覺化軟體(PyMOL)實地操作, 實際演練分子對接(molecular docking)與虛擬篩選,提供學員系統性的概念與操作學習,有助於探討目標蛋白質結構相關的功能特性。

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時間:105 年 1月 29 日 (星期五)
地點:中央研究院人文社會科學館遠距會議室(Media Conference Room)
簡介: 隨著人們對健康要求越來越高,生物醫學相關研究也爆炸式的累積,而這些文獻的數量已經多到難以透過人力閱讀來整合資訊!因此讓電腦能讀懂文獻並回答專業問題已成為一個非常重要的議題。

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時間:105 年 1月 29 日 (星期五)
地點:中央研究院人文社會科學館遠距會議室(Media Conference Room)
簡介: 微小核醣核酸MicroRNA(miRNA)可透過抑制基因的表現,進而調控發育、细胞分化與許多疾病和癌症等。本研究團隊在miRNA研究超過10年,除了發展許多世界知名的生物資訊分析工具及資料庫外,也有許多傑出的合作研究成果(如 Science, Molecular Cell, JCI, Circulation等)。本研習課程,將由黃憲達教授先簡介miRNA並且帶大家綜觀許多重要研究成果,是如何透過生物資訊整合分析而有重大發現或突破。接下來將由黃憲達教授的團隊講解與上機實習,在miRNA研究上,重要的資料庫和分析工具。期望研究miRNA的學者/研究生都能就藉由本次的研習會,應用至自己的研究主題中。

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