時間:105年12月1日(星期四)~105年12月2日(星期五)
地點:國立清華大學 生命科學二館 R220電腦教室
簡介: 本研習會主要以實例讓學員們快速應用結構生物資訊分析工具,熟悉蛋白質基礎結構特性,實作蛋白質結構模擬(modeling)與預測,同時搭配3D結構視覺化軟體(PyMOL)實地操作, 實際演練分子對接(molecular docking)與虛擬篩選,提供學員系統性的概念與操作學習,有助於探討目標蛋白質結構相關的功能特性。

此外,利用結構生物學尋找分子及細胞標靶是目前在新藥開發領域廣泛被應用的分析技術平台,針對應用於蛋白質模擬、標靶藥物研究,結構藥物…等設計軟體工具的需求日益增加,美商BIOVIA公司開發了專業性研究軟體Discovery Studio(DS)。DS的主要功能包括有:

  • 比較蛋白質間之序列,並根據序列的相似程度,推測蛋白質之功能。
  • 建構和修改核酸、蛋白質以及多胜肽之結構,可計算分子表面之靜電力場和溶媒能根據同源蛋白質之3D結構,自動、快速地進行目標蛋白質結構之模組。
  • 藉由同源蛋白之序列與結構訊息,了解目標蛋白質之功能與分類,並進一步製做樹狀圖,進行物種演化之分析。
  • 透過CHARMm進行古典力學與分子動力學之計算,研究大、小分子的能量與變化性。CHARMm可與DS之其它模組搭配,完成各種模擬計算,例如:蛋白質、小藥物對接程式CDOCKER。
  • 利用小片段資料庫,配合蛋白質結構資訊,設計新的藥物或對已存在之藥物進行結構改造,篩選出具有潛力之藥物小分子後再進行合成。
  • 可將小藥物分子與受體的活性口袋進行對接,了解對接位向。搭配小分子資料庫與平行化計算技術,可進行藥物結合可能性之高速篩選(Virtual High-Throughput Screening)。
  • 預測小藥物分子的吸收、分佈、代謝路徑、分泌以及毒性。
  • 預測蛋白和蛋白結合位向。

本課程內容包含基礎理論、實際應用到進階實機操作。先利用實際研究成果作經驗分享,讓使用者了解其軟體功能及應用層面。進一步透過實機練習讓使用者學會處理各種大、小分子之理論模擬計算、分子Structure-/ligand-based的策略和操作,並以分子結構為基礎之交互作用性預測功能。期望經此課程能對從事「蛋白質、化學分子、藥物設計」等相關領域之研究人員及學生,提供在實驗上之解釋或設計的幫助和方向。

講師:

  • 呂平江 清華大學生物資訊與結構生物研究所 教授
  • 劉益忠 清華大學生物資訊與結構生物研究所 博士
  • 陳冠文 創源生物科技股份有限公司 副理

報名費:
1. 105年12月01日 1,000元
2. 105年12月02日 1,000元

詳細資訊及報名辦法:
http://www.tbi.org.tw/education/workshop/course2016120102.php

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